Jens wurde in Lörrach/Rhein geboren und arbeitete nach Abschluss seines Studiums der Theaterwissenschaft und Germanistik in München (LMU) und Berlin (FU) zunächst als Regieassistent am Staatstheater Kassel, an der Schaubühne am Lehniner Platz (Berlin) sowie bei den Salzburger Festspielen. Als Regisseur folgten seit 1990 zahlreiche Inszenierungen unter anderem am Staatstheater Kassel, der Schaubühne Berlin, Volkstheater Wien, Staatstheater Hannover, Deutsches Theater Göttingen, Theater Konstanz, Heilbronn und Rudolstadt. Jens Schmidl ist zudem Autor mehrerer Drehbücher und Theaterstücke und war als Filmregisseur und Bühnenbildner tätig.